1、排污申报
通知辖区内一切排污单位按《排放污染物申报登记表》的要求，在规定期限内申报其排放污染物的情况。
2、排污量核定
（1）拟定排污收费污染源监督性监测计划，报主管部门审核后交由监测站组织实施；
（2）根据监测数据、排污单位的排污申报、日常现场监督管理记录及有关资料，核定各排污单位的实际排污量。
（3）向排污者送达《排污核定通知书》
3、排污费复核
排污者对核定的污染物排放种类、数量有异议的，自接到通知之日7日内，可以向发出通知的环境监察机构申请复核；环境监察机构应当自接到复核申请之日起10日内，作出复核决定。
4、核算排污费
按规定的收费标准和排污单位的实际排污情况，计算各类污染物的排污收费额；
5、公告
环境监察机构应将排污费征收核定情况在政务公布栏或在互联网上公告。
6、依法征收
（1）发出征收排污费通知书，限期排污单位自接到7天内缴纳或委托银行收款；
（2）对逾期未缴纳者发出《限期缴纳排污费通知书》；
（3）对逾期催缴无效者，进入行政处罚程序。
7、排污费减免缓
（1）因排放污染物种类、数量或浓度发生变化而需要减免排污费的，由缴费单位提出申请，经监察人员核实后，按规定予以减免；
（2）因排污量核定有误或执行排污费政策有误或核算有误的，一经发现，由监察人员予以纠正；
（3）因排污单位有特殊困难而要求缓缴排污费的，由缴费单位提出申请，报请环保行政主管部门批准，在批准的缓缴期间内，不再征收滞纳金。排污费的缓缴期限最长不超过3个月。
（4）排污者因不可抗力遭受重大经济损失的，可以申请减半缴纳排污费或者免缴排污费。
8、解缴国库
（1）按规定及时将所征收的排污费全额解缴国库；
（2）按规定应上交上级财政的排污费，应分级解库。
9、行政处罚
对违反排污收费有关规定的排污单位进行行政处罚。
10、总结归档
征收排污费过程中的一切文件资料、票据等均须按规定整理归档。
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